Logo el.boatexistence.com

Γιατί στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών;

Πίνακας περιεχομένων:

Γιατί στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών;
Γιατί στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών;

Βίντεο: Γιατί στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών;

Βίντεο: Γιατί στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών;
Βίντεο: Εισαγωγή στον προγραμματισμό με Python - Βασιλάκης Βασίλης, Μπουκέας Γιώργος 2024, Ιούλιος
Anonim

Οι ευθυγραμμίσεις πολλαπλών ακολουθιών παρέχουν περισσότερες πληροφορίες από τις ευθυγραμμίσεις ανά ζεύγη, καθώς εμφανίζουν διατηρημένες περιοχές εντός μιας οικογένειας πρωτεϊνών οι οποίες έχουν δομική και λειτουργική σημασία.

Ποιος είναι ο σκοπός της διεξαγωγής μιας στοίχισης πολλαπλών ακολουθιών;

Δεδομένου ενός συνόλου βιολογικών αλληλουχιών (RNA, πρωτεΐνες, DNA), ο σκοπός μιας μεθόδου MSA είναι να ευθυγραμμίσει τις αλληλουχίες με τρόπο που θα αντικατοπτρίζει είτε την εξελικτική, λειτουργική ή δομική τους σχέση(Εικόνα 1).

Πώς βοηθά η στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών στην εξέλιξη;

Οι ευθυγραμμισμένες ακολουθίες χρησιμοποιούνται για πολλούς σκοπούς, συμπεριλαμβανομένης της εκτίμησης προτύπων απόκλισης, επιλογής, του ρυθμού και του τρόπου εξελικτικής αλλαγής, της αναγνώρισης λειτουργικών στοιχείων και περιορισμών και της φυλογενετικής ιστορίας, για να αναφέρουμε μόνο μερικά.

Είναι η στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών;

Στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών (MSA) είναι γενικά η στοίχιση τριών ή περισσότερων βιολογικών αλληλουχιών (πρωτεΐνη ή νουκλεϊκό οξύ) παρόμοιου μήκους Από την έξοδο, μπορεί να συναχθεί η ομολογία και η εξελικτικές σχέσεις μεταξύ των ακολουθιών που μελετήθηκαν. … Πολύ γρήγορο εργαλείο MSA που επικεντρώνεται σε τοπικές περιοχές.

Πώς δημιουργείται η στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών;

Ο αλγόριθμος Clustal Omega παράγει μια στοίχιση πολλαπλών ακολουθιών παράγοντας πρώτα ζευγαριές στοίχιση χρησιμοποιώντας τη μέθοδο k-tuple Στη συνέχεια, οι ακολουθίες ομαδοποιούνται χρησιμοποιώντας τη μέθοδο mBed. Ακολουθεί η μέθοδος ομαδοποίησης k-means. Το δέντρο οδηγών κατασκευάζεται στη συνέχεια χρησιμοποιώντας τη μέθοδο UPGMA.

Συνιστάται: