Το
BLAST είναι ένας αλγόριθμος υπολογιστή που είναι διαθέσιμος για χρήση στο διαδίκτυο στον ιστότοπο του Εθνικού Κέντρου Πληροφοριών Βιοτεχνολογίας (NCBI), καθώς και σε πολλούς άλλους ιστότοπους. Το BLAST μπορεί γρήγορα να ευθυγραμμίσει και να συγκρίνει μια αλληλουχία DNA ερωτήματος με μια βάση δεδομένων αλληλουχιών, γεγονός που το καθιστά κρίσιμο εργαλείο στη συνεχιζόμενη γονιδιωματική έρευνα.
Είναι το BLAST μια κύρια βάση δεδομένων;
Το
BLAST είναι το πιο ευρέως χρησιμοποιούμενο λογισμικό στην έρευνα της βιοπληροφορικής. Η κύρια λειτουργία του είναι να συγκρίνει μια ακολουθία ενδιαφέροντος, την ακολουθία ερωτημάτων, με ακολουθίες σε μια μεγάλη βάση δεδομένων BLAST και στη συνέχεια αναφέρει τις καλύτερες αντιστοιχίσεις ή «επιτυχίες» που βρέθηκαν στη βάση δεδομένων. Αυτό το απλό πρόγραμμα έχει δύο κύριες εφαρμογές.
Είναι το NCBI βάση δεδομένων;
Το NCBI φιλοξενεί μια σειρά βάσεων δεδομένων σχετικών με τη βιοτεχνολογία και τη βιοϊατρική και αποτελεί σημαντικό πόρο για εργαλεία και υπηρεσίες βιοπληροφορικής. Στις κύριες βάσεις δεδομένων περιλαμβάνονται η GenBank για αλληλουχίες DNA και η PubMed, μια βιβλιογραφική βάση δεδομένων για τη βιοϊατρική βιβλιογραφία. Άλλες βάσεις δεδομένων περιλαμβάνουν τη βάση δεδομένων NCBI Epigenomics.
Χρησιμοποιείται το BLAST μόνο σε βάσεις δεδομένων NCBI;
Το
BLAST είναι διαθέσιμο στον ιστό στον ιστότοπο του NCBI. Διαφορετικοί τύποι BLAST είναι διαθέσιμοι σύμφωνα με τις αλληλουχίες ερωτημάτων και τις βάσεις δεδομένων-στόχων.
Πώς λειτουργεί η βάση δεδομένων BLAST;
Πώς λειτουργεί το BLAST; Το BLAST προσδιορίζει ομόλογες αλληλουχίες χρησιμοποιώντας μια ευρετική μέθοδο που αρχικά βρίσκει σύντομες αντιστοιχίσεις μεταξύ δύο αλληλουχιών. Έτσι, η μέθοδος δεν λαμβάνει υπόψη ολόκληρο τον χώρο ακολουθίας. Μετά την αρχική αντιστοίχιση, το BLAST επιχειρεί να ξεκινήσει τοπικές ευθυγραμμίσεις από αυτές τις αρχικές αντιστοιχίσεις.
