Τι είναι το αρχείο bigwig;

Πίνακας περιεχομένων:

Τι είναι το αρχείο bigwig;
Τι είναι το αρχείο bigwig;

Βίντεο: Τι είναι το αρχείο bigwig;

Βίντεο: Τι είναι το αρχείο bigwig;
Βίντεο: Τι είναι το ΑΡΧΕΙΟ ΕΜΠΝΕΥΣΗΣ + ΠΡΩΤΗΣ ΣΥΓΓΡΑΦΙΚΗΣ ΥΛΗΣ για έναν Συγγραφέα Μυθιστορημάτων 2024, Νοέμβριος
Anonim

Το

BigWig είναι μια μορφή αρχείου για εμφάνιση πυκνών, συνεχών δεδομένων σε ένα κομμάτι προγράμματος περιήγησης γονιδιώματος, που δημιουργήθηκε με μετατροπή από τη μορφή Wiggle (WIG). Η μορφή BigWig περιγράφεται στον ιστότοπο UCSC Genome Bioinformatics και ο οδηγός μορφής αρχείου του Broad Institute παρέχει πρόσθετες πληροφορίες.

Τι είναι η μορφή bigWig;

Η μορφή bigWig είναι για εμφάνιση πυκνών, συνεχών δεδομένων που θα εμφανίζονται ως γράφημα Τα αρχεία BigWig δημιουργούνται αρχικά από αρχεία τύπου WIG, χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα UCSC wigToBigWig. Εναλλακτικά, τα αρχεία bigWig μπορούν να δημιουργηθούν από αρχεία bedGraph, χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα UCSC bedGraphToBigWig.

Πώς μπορώ να χρησιμοποιήσω το αρχείο bigWig;

Μετακινήστε το νέο αρχείο bigWig (myBigWig.bw) σε μια τοποθεσία http, https ή ftp προσβάσιμη στον ιστό. Επικολλήστε τη διεύθυνση URL στη φόρμα καταχώρισης προσαρμοσμένου κομματιού ή δημιουργήστε ένα προσαρμοσμένο κομμάτι χρησιμοποιώντας μια γραμμή κομματιού. Επικολλήστε τη γραμμή προσαρμοσμένου κομματιού στο πλαίσιο κειμένου στη σελίδα διαχείρισης προσαρμοσμένου κομματιού.

Τι είναι ένα κομμάτι bigWig;

Τα

bigWig Tracks είναι κομμάτια για συνεχή σήματα σε ολόκληρο το γονιδίωμα. Είναι κατάλληλα για την εμφάνιση διαφόρων «ακατέργαστων» αποτελεσμάτων πειράματος, όπως σήματα ChIP-Seq, σήματα RNA-Seq κ.λπ.

Πώς δημιουργώ ένα αρχείο bigWig;

Υπάρχουν πολλοί τρόποι δημιουργίας αρχείων bigwig. Αυτό συνήθως περιλαμβάνει τη μετατροπή ενός. αρχείο bam σε ένα κομμάτι wiggle (. wiggle) και στη συνέχεια μετατροπή του κομματιού wiggle σε δυαδικό bigwig (.

Συνιστάται: