Η απώλεια της διαμορφωτικής εντροπίας είναι μια σημαντική συμβολή στη θερμοδυναμική της αναδίπλωσης πρωτεΐνης Ωστόσο, ο ακριβής προσδιορισμός της ποσότητας έχει αποδειχθεί πρόκληση. Υπολογίζουμε αυτήν την απώλεια χρησιμοποιώντας μοριακές δυναμικές προσομοιώσεις τόσο της φυσικής πρωτεΐνης όσο και ενός ρεαλιστικού συνόλου μετουσιωμένης κατάστασης.
Τι είναι η πρωτεΐνη διαμορφωτικής εντροπίας;
Η διαμορφωτική εντροπία είναι η εντροπία που σχετίζεται με τον αριθμό των διαμορφώσεων ενός μορίου. … Στις πρωτεΐνες, οι διεδρικές γωνίες της ραχοκοκαλιάς και τα περιστροφικά μερίδια πλευρικής αλυσίδας χρησιμοποιούνται συνήθως ως παράμετροι, και στο RNA μπορεί να χρησιμοποιηθεί το μοτίβο ζευγών βάσεων.
Ποιο έχει μεγαλύτερη διαμορφωτική εντροπία μια διπλωμένη πρωτεΐνη ή μια μη διπλωμένη πρωτεΐνη;
Η διαμορφωτική εντροπία της πολυπεπτιδικής αλυσίδας είναι μεγαλύτερη για την ξεδιπλωμένη κατάσταση σε σύγκριση με την πιο συμπαγή αναδιπλωμένη κατάσταση που χαρακτηρίζεται από πολύ πιο περιορισμένο διαμορφωτικό χώρο. Επομένως, αυτή η συνεισφορά σταθεροποιεί την ξεδιπλωμένη κατάσταση (ΔSconf > 0).
Τι καθορίζει τη διαμόρφωση της πρωτεΐνης και ποιο είναι το πρόβλημα που σχετίζεται με την αναδίπλωση πρωτεΐνης;
Η πρωταρχική δομή μιας πρωτεΐνης, η γραμμική της αλληλουχία αμινοξέων, καθορίζει τη φυσική της διαμόρφωση. Τα συγκεκριμένα υπολείμματα αμινοξέων και η θέση τους στην πολυπεπτιδική αλυσίδα είναι οι καθοριστικοί παράγοντες για τους οποίους τμήματα της πρωτεΐνης διπλώνονται στενά μεταξύ τους και σχηματίζουν την τρισδιάστατη διαμόρφωση της.
Ποιοι παράγοντες επηρεάζουν την αναδίπλωση μιας πρωτεΐνης;
Η αναδίπλωση πρωτεΐνης είναι μια πολύ ευαίσθητη διαδικασία που επηρεάζεται από διάφορους εξωτερικούς παράγοντες, όπως ηλεκτρικά και μαγνητικά πεδία, θερμοκρασία, pH, χημικές ουσίες, περιορισμός χώρου και μοριακός συνωστισμόςΑυτοί οι παράγοντες επηρεάζουν την ικανότητα των Πρωτεϊνών να αναδιπλώνονται στις σωστές λειτουργικές τους μορφές.
