Η μοντελοποίηση ομολογίας αποκτά την τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης στόχου που βασίζεται στην ομοιότητα μεταξύ προτύπων και αλληλουχιών στόχου και αυτή η τεχνική αποδεικνύεται αποτελεσματική όταν πρόκειται για τη μελέτη πρωτεϊνών μεμβράνης που είναι δύσκολο να κρυσταλλωθούν όπως το GPCR καθώς παρέχει υψηλότερο βαθμό κατανόησης του …
Τι είναι η μοντελοποίηση ομολογίας και γιατί χρειάζεται;
1.2.
Η μοντελοποίηση ομολογίας είναι η πιο ακριβής υπολογιστική μέθοδος για τη δημιουργία αξιόπιστων δομικών μοντέλων και χρησιμοποιείται συνήθως σε πολλές βιολογικές εφαρμογές. Η μοντελοποίηση ομολογίας προβλέπει την τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης ερωτήματος μέσω της ευθυγράμμισης αλληλουχίας των πρωτεϊνών προτύπου.
Ποια είναι η αρχή της μοντελοποίησης ομολογίας;
Η μοντελοποίηση ομολογίας είναι επίσης γνωστή ως η συγκριτική μοντελοποίηση προβλέπει δομές πρωτεΐνης με βάση την ομολογία αλληλουχίας με γνωστές δομές. Βασίζεται στην αρχή ότι « αν δύο πρωτεΐνες έχουν αρκετά υψηλή ομοιότητα αλληλουχίας, είναι πιθανό να έχουν πολύ παρόμοιες τρισδιάστατες δομές. "
Τι κάνει ένα καλό μοντέλο ομολογίας;
Αν ορίσουμε ένα "υψηλά επιτυχημένο μοντέλο ομολογίας" ως ένα μοντέλο που έχει <=2 Å rmsd από την εμπειρική δομή, τότε το πρότυπο πρέπει να έχει >=60% ταυτότητα ακολουθίας με τον στόχο για επιτυχία ποσοστό >70% Ακόμη και σε υψηλές ταυτότητες ακολουθίας (60%-95%), έως και ένα στα δέκα μοντέλα ομολογίας έχει rmsd >5 Å έναντι
Ποιο από τα παρακάτω ισχύει για τη Μοντελοποίηση ομολογίας;
Επεξήγηση: Όπως υποδηλώνει το όνομα, η μοντελοποίηση ομολογίας προβλέπει δομές πρωτεΐνης με βάση την ομολογία αλληλουχίας με γνωστές δομές Η μοντελοποίηση ομολογίας παράγει ένα μοντέλο με όλα τα άτομα που βασίζεται στην ευθυγράμμιση με πρωτεΐνες προτύπου.… Τα σφάλματα που έγιναν στο βήμα ευθυγράμμισης δεν μπορούν να διορθωθούν στα ακόλουθα βήματα μοντελοποίησης.
